В Антарктиде найдены особые Звездные Врата, которые позволяют переместиться в далекую галактику Пегас, куда 10000 лет назад ушли Древние вместе со своим легендарным городом Атлантидой (Атлантисом). Однако экспедиция, отправившаяся туда, находит город пустым и погруженным под воду. МНТ истощены, энергии недостаточно ни на поддержание щита, ни на возвращение на Землю. Жители Атлантиса вынуждены искать новый дом в галактике Пегас. Деревня Атозианцев переживает нападение Рейфов. Многие жители забраны на корабли-ульи. Вместе с ними и полковник Самнер. Оставшихся жителей майор Шеппард перемещает на Атлантис, чем вызывает перегрузку щита и систем обеспечения. Но вместо затопления город поднимается на поверхность.